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林耐的生物分类方法和分类原则，对生物学的发展起到了重大的作用，奠定了科学生物分类学的基础。现在对生物分类有了统一的规定，即用7个等级将生物逐级分类。这7个等级由高到低分别是界、门、纲、目、科、属、种。一个“界”含有多个门，一个“门”含有多个纲，以此类推，分类的最小单位是种。每种生物在分类系统中都有自己固定的位置。
生物分类学是研究生物分类的方法和原理的生物学分支。分类就是遵循分类学原理和方法，对生物的各种类群进行命名和等级划分。
地球上现生的物种以百万计，千变万化，各不相同，如果不予分类，不立系统，便无从认识，难以研究利用。分类的对象是形形色色的种类，都是进化的产物。因而从理论意义上说，分类学是生物进化的历史总结。
分类学是综合性学科。生物学的各个分支，从古老的形态学到现代分子生物学的新成就，都可吸取为分类依据。分类学亦有其自己的分支学科，如以染色体为依据的细胞分类学，以血清反应为依据的血清分类学，以化学成分为依据的化学分类学，等等。动物、植物和细菌，作为三门分类学，各有其特点；病毒分类则尚未正式采用双名制和阶元系统。
生物分类学的历史
人类在很早以前就能识别物类，给以名称。汉初的《尔雅》把动物分为虫、鱼、鸟、兽4类：虫包括大部分无脊椎动物；鱼包括鱼类、两栖类、爬行类等低级脊椎动物及鲸和虾、蟹、贝类等，鸟是鸟类；兽是哺乳动物。这是中国古代最早的动物分类，四类名称的产生时期看来不晚于西周。这个分类，和林奈的六纲系统比较，只少了两栖和蠕虫两个纲。
生物一般分为植物界（Plantae）和动物界（Animalia）两个界。在两界划分过程中，人们发现有些生物如具鞭毛的生物，常有植物和动物的两重性，很难归入两个界的任何一个界中，建议使用三界划分方案，即在植物、动物两界外，另立一个始先界（Protista）,包括原生动物和一些低等藻类。
生物主要分类等级是门（phylum）、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)。种以下还有亚种（subspecies，缩写成subsp.），植物还有变种(variety，缩写成var.)。有时还有一些辅助等级，实在主要分类等级术语前加前缀超（super-）、亚（sub-）.在亚纲、亚目之下有时还分别设置次纲（infraclass）和次目(infraorder)等。
以大家熟知的Felis domesticus(家猫)这一种的名称为例，其分类系统和名称如下：
界 Animalia 动物界
门 Chordata 脊索动物门
亚门 Vertebrata 脊椎动物亚门
纲 Mammalia 哺乳纲
目 Carnivora 食肉目
科 Felidae 猫科
属 Felis 猫
种 Felis domesticus 家猫
古希腊哲学家亚里士多德采取性状对比的方法区分物类，如把热血动物归为一类，以与冷血动物相区别。他把动物按构造的完善程度依次排列，给人以自然阶梯的概念。
17世纪末，英国植物学者雷曾把当时所知的植物种类，作了属和种的描述，所著《植物研究的新方法》是林奈以前的一本最全面的植物分类总结，雷还提出“杂交不育”作为区分物种的标准。
近代分类学诞生于18世纪，它的奠基人是瑞典植物学者林奈。林奈为分类学解决了两个关键问题：第一是建立了双名制，每一物种都给以一个学名，由两个拉丁化名词所组成，第一个代表属名，第二个代表种名。第二是确立了阶元系统，林奈把自然界分为植物、动物和矿物三界，在动植物界下，又设有纲、目、属、种四个级别，从而确立了分类的阶元系统。
每一物种都隶属于一定的分类系统，占有一定的分类地位，可以按阶元查对检索。林奈在1753年印行的《植物种志》和1758年第10版《自然系统》中首次将阶元系统应用于植物和动物。这两部经典著作，标志着近代分类学的诞生。
林奈相信物种不变，他的《自然系统》没有亲缘概念，其中六个动物纲是按哺乳类、鸟类、两栖类、鱼类、昆虫、蠕虫的顺序排列的。拉马克把这个颠倒了的系统拨正过来，从低级到高级列成进化系统。他还把动物区分为脊椎动物和无脊椎动物两类，并沿用至今。
由于林奈的进化观点在当时没有得到公认，因而对分类学影响不大。直到1859年，达尔文的《物种起源》出版以后，进化思想才在分类学中得到贯彻，明确了分类研究在于探索生物之间的亲缘关系，使分类系统成为生物系谱——系统分类学由此诞生。
生物分类学的基本内容
分类系统是阶元系统，通常包括七个主要级别：种、属、科、目、纲、门、界。种(物种)是基本单元，近缘的种归合为属，近缘的属归合为科，科隶于目，目隶于纲，纲隶于门，门隶于界。
随着研究的进展，分类层次不断增加，单元上下可以附加次生单元，如总纲(超纲)、亚纲、次纲、总目(超目)、亚目、次日、总科(超科)、亚科等等。此外，还可增设新的单元，如股、群、族、组等等，其中最常设的是族，介于亚科和属之间。
列入阶元系统中的各级单元都有一个科学名称。分类工作的基本程序就是把研究对象归入一定的系统和级别，成为物类单元。所以分类和命名是分不开的。
种和属的学名后常附命名人姓氏，以标明来源，便于查找文献。变种学名亦采取三名制，分类名称要求稳定，一个属或种(包括种下单元)只能有一个学名。一个学名只能用于一个对象(或种)，如果有两个或多个对象者，便是“异物同名”，必须于其中核定最早的命名对象，而其他的同名对象则另取新名。这叫做“优先律”，动物和植物分类学界各自制订了《命名法规》，所以在动物界和植物界间不存在异物同名问题。“优先律”是稳定学名的重要措施。优先律的起始日期，动物是1758年，植物是1820年，细菌则起始于1980年1月1日。
动物界按胚层发生情况和体制来区分。
界门纲目科属种，是划分的阶层，不使用“类”。
动物，就是“界”，其下有“门”。而每一门之下还分若干“纲”，有些门之下为“亚门”，亚门之下才是纲。
动物界一共分为38个门，分别是
1 原生动物门 全都是单细胞动物，是最原始的动物，其中我们熟悉的有眼虫、草履虫
2 中生动物门 结构简单的内寄生动物，有记录的种类不多
3 多孔动物门 又称海绵动物门。海绵是原始的多细胞动物
4 扁盘动物门 到目前为止，此门被丝盘虫一种动物独占~~~厉害，不得不服~~
5 古杯动物门 顾名思义，“古”意思是此类动物已灭绝了，“杯”就是说它们长得像杯子
6 腔肠动物门 这里有水螅、水母、海葵和珊瑚，很熟悉吧，不多说了
7 栉水母动物门 也有人把这个门归入腔肠动物门，作为栉水母纲
8 扁形动物门 有涡虫、吸虫、绦虫等我们常听说的寄生虫
9 螠虫动物门 海洋底栖动物，身体呈柱形或长囊形
10 舌形动物门 全都是“吸血不眨眼”的寄生虫，分类地位尚难确定
11 奇怪动物门 在1994年新发现的一类动物，人类对它们所知甚少
12 纽形动物门 比扁形动物略高等的类似动物
13 颚胃动物门 体形很小，生活在浅海的细沙中，人们了解得不多
14 线虫动物门 一个庞大的家族，包含有很多人肚子里长过的——蛔虫
15 腹毛动物门 身体腹面长有纤毛的一类动物
16 轮虫动物门 很小，与原生动物类似
17 线形动物门 与线虫动物类似的一类动物
18 鳃曳动物门 生活在靠近两极的冷水中的海洋底栖动物，有记载的种类极少
19 动吻动物门 和鳃曳动物类似
20 棘头虫动物门 身体前端有吻的一类动物
21 铠甲动物门 1983年才发现的一个新门，目前没有准确分类
22 内肛动物门 苔藓状的小动物
23 环节动物门 蚯蚓、蚂蟥、沙蚕、水蛭……都是身体由功能相似的环状体节构成。
24 星虫动物门 与前面说的螠虫动物相似
25 软体动物门 包含有大量常见动物，我将在后面详细解说
26 软舌螺动物门 已灭绝
27 缓步动物门 很强的一类动物，能忍受高温、绝对零度、高辐射真空和高压
28 有爪动物门 身体呈蠕虫状，足呈圆柱形，末端有爪，近乎灭绝
29 节肢动物门 动物界中种类占三分之二以上的动物，留到下面介绍这个庞大的家族
30 腕足动物门 有时你会在街头地摊上看见一些像贝壳的化石就是这类动物留下的
31 外肛动物门 曾经与内肛动物为同一门合称苔藓动物，现已分开
32 帚虫动物门 又一个很小的门，又是只有10几种动物，又都是海洋底栖动物
33 古虫动物门 在5.3亿年前的生命大爆发中早就灭绝了，在近几年才发现
34 棘皮动物门 一个我们熟悉的门，有海星、海胆、海参和海百合
35 须腕动物门 没有嘴和消化管的非寄生动物，生活在深海中，分类地位有争议
36 毛颚动物门 只有50种左右，还是海洋动物
37 半索动物门 身体呈蠕虫形，有人将它们归入脊索动物门
38 脊索动物门 体内有脊椎，动物界中最高等的动物，分五类：鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类
按从低等到高等的顺序是这样：
腔肠动物
环节动物
节肢动物
软体动物
脊索动物
这五个都是“门”级的分类
甲壳动物是节肢动物门里的一个纲
脊椎动物是脊索动物门里的一个亚门
哺乳动物和两栖动物分别是脊椎动物亚门里的量个纲
从腔肠动物到软体动物（包括脊索动物门里除了脊椎动物亚门以外的其他种属）统称为无脊椎动物
脊索动物门哺乳纲和鸟纲是恒温动物
除哺乳动物和鸟类以外的其他一切动物种属统称为变温动物
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