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地史时期生物生活与活动的遗迹或遗物，称之为遗迹化石（或痕迹化石）。这些保留在沉积物表面或内部的遗迹化石，是环境分析的重要标志。
1.判别水体底层氧化还原特征
如果沉积岩中缺乏实体化石，而遗迹化石非常丰富时，仍然说明当时水体底层有较多的生物存在，并非缺氧环境，只是这些生物不具有硬体，或是由于种种原因这些生物硬体不易形成实体化石。相反，如果沉积岩中既没有底栖生物的实体化石，也缺乏遗迹化石，那么，很可能说明当时水底底层是缺氧环境。
2.判别沉积速率
是硬底还是软底，往往能反映沉积物的丰度与沉积速率的大小。硬底反映沉积速率慢，或有沉积间断，或有侵蚀作用。硬底通常只有钻孔底栖动物所留下的大量钻孔，这些钻孔规则，沉积物无变形。侵蚀作用还可能把一些潜穴的顶部截去，只留下潜穴的下半部分，这也是判别侵蚀还是沉积的标志。相反，软底反映沉积速率大，富含水分的松软底层是大量潜穴动物的生活场所，常常形成丰富多彩的潜穴迹，成岩后这些潜穴周围沉积物常有变形。
3.判别水体底流动性及方向
由于流水可携带丰富的悬浮物和充足的养分，所以许多底栖动物都有向流性的特点，它们的潜穴、栖息印痕都是向着底流方向的。在沉积岩层面上，常常可以见到迎着底流方向排列成行的潜穴、孔道和栖息印痕等遗迹化石。这些遗迹化石的出现，一方面反映沉积底层水体具一定的流动性，非滞流环境；另一方面，潜穴、栖息印痕的向流性可以判别底流流向。
4.判别沉积环境
遗迹化石的分布规律与沉积环境密切相关，潮间-潮上带泥质岩中，遗迹化石以爬行迹、足迹为特征。在滨海带，影响生物生存的环境变化较大（如温度、盐度、潮汐及波浪等的变化），因此，生活在滨海环境的绝大多数底栖动物，要么在沉积物中挖掘很深的近垂直的潜穴，要么在坚硬岩层面上钻孔。在水流较弱的泥质浅海区，底栖动物的潜穴较浅，一般呈倾斜状或水平状产出；但在水流较强的砂质浅海，动物遗迹可能呈垂直形或“U”字形。在半深海区，由于环境稳定，底栖动物不再需要营造潜穴或钻孔来保护自己，而是留下了丰富多彩的觅食迹或啮食迹。
赛拉赫（Seilacker）、赫克尔（Hekel）等人先后根据不同环境中的遗迹，划分出下述各种遗迹相（图4-7）。
图4-7 迹相模式
（据刘宝珺，1985）
斯柯茵迹（Scoyenia）相：分布于潮坪以上的非海相沉积地带，多为湖沼红色岩系中的陆生脊椎动物脚印。
石针迹（Skolithos）及舌菌迹（Glossifungites）相：分布于潮间带-潮下带上部，温度、盐度变化大，波浪或潮汐作用强烈，沉积或侵蚀作用迅速，以钻蚀生物留下的钻孔和“U”形潜穴为特征。
克鲁斯迹（Cruziana）相：分布于浅海（内）陆棚，有波浪影响，但比滨海或潮间带稳定。生物种类多，可形成各种栖息迹和爬行觅食迹，潜穴迹较浅，近水平或稍有倾斜。
动藻迹（Zoophycos）相：分布于外陆棚-大陆斜坡带，常有各类觅食迹和潜穴。
砂蚕迹（Nereites）相：分布于半深海和深海区，有远洋和浊流沉积物，常以各种形态的觅食迹或啮食迹为特征，如网状、螺旋状、弯曲状、树枝状等。
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