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软件学院和计算机科学与技术学院都是属于中国科技大学的二级学院。
中国科学技术大学软件学院成立于2002年3月，是国家教育部和国家计委首批批准设立的示范性软件学院之一。学院秉承该校在创新和进取中凝练出的“红专并进、理实交融”的校训和“我创新故我在”的教育理念，坚持“质量优异、规模适度、夯实基础、注重实践”，依托校计算机、数学、电子、通信和微电子学科的基础与专业基础课师资力量和丰富教学资源进行办学。同时，学院聘请海内外著名企业和大学的专家、教授授课，课程设置与国际接轨，课程内容面向软件市场和企业，强化实践教学，并提供优良的硬件条件和教学环境。
1982年成立了（即11系计算机系），属于中国科学技术大学信息科学技术学院。计算机系与中科院计算所联合培养了国内首批博士。1990年获得计算机软件博士学位点；1995年成立了我国的第1个国家高性能计算中心；2000年获计算机科学与技术一级学科博士学位授予权，并建立博士后流动站，该学科是中国科学院博士生重点培养基地；2007年我系计算机软件与理论专业经教育部评审为国家重点学科。2009年3月计算机科学与技术学院正式成立，和中国科学院计算所、软件所、沈阳自动化所对口结合。
中科院和中科大的区别
北京大学信息科学技术学院，是北京大学的一个学院，成立于2002年9月。第一任院长由何新贵院士担任，现任院长为中科院院士黄如。
信息科学技术学院现有计算机科学与技术、电子科学与技术和信息与通信工程3个一级学科，其中计算机科学与技术、电子科学与技术为国家一级重点学科。下设9个二级学科，其中计算机软件与理论、计算机应用技术、物理电子学、微电子与固体电子学和通信与信息系统5个二级学科为国家重点学科。近五年，获得国家级科研成果二等以上奖9项，完成包括国家自然科学基金、“973”项目、“863”项目在内的科研经费超过8亿元，发表学术论文3400多篇，获授权专利350余项。学院有计算机科学与技术、电子信息科学与技术、微电子学和智能科学与技术4个本科生专业，实行按学院统一招生。学院秉承北京大学“加强基础、淡化专业、因材施教、分流培养”的理念，体现重基础、重创新的培养特色，构建本研连贯的培养体系，打造研究型、综合型培养模式，充分尊重学生的个性化发展，培养具有国际视野的行业领军人才，具体为具有原创能力的研究型人才，具有集成能力的工程型人才和具有组织能力的管理型人才。
北京大学信息学科50多年的发展，见证了我国信息科学技术的创建和发展。在这里诞生了我国信息科学技术发展的多个第一：我国第一台百万次数字计算机── 150机，第一块大规模集成电路── 1024位MOS随机存储器，第一个并改变了印刷产业的汉字激光照排系统，第一个多通道操作系统，第一台原子钟，第一个大规模商用指纹识别系统，第一个大型软件工程环境，第一个波分复用光纤通信系统，第一个CDMA甚小口径卫星通信系统；被国际上称为吴氏理论的银氧铯阴极光电发射的物理模型，国际上第一个螺旋型氧化钛纳米管模型，国际上第一个无需掺杂的单根单壁碳纳米管等等。
信息科学技术不仅改变了我们的生活和工作方式，也对其他领域的发展产生了重大与深远的影响。为了适应高等教育和科学技术的发展，适应信息科学技术学科的发展，更加广泛而有机地实现学科交叉，满足未来社会更加信息化和智能化的需求，并加快建设世界一流大学的步伐，北京大学于2002年在原计算机科学技术系、电子学系、微电子所和信息科学中心的建设基础之上，正式组建成立信息科学技术学院。
长期以来，北京大学信息学科已为国家培养了上万名信息领域的人才，为我国信息事业的发展做出了重大贡献。
中科院和中科大的区别如下：
定义性不同：中科院是国务院下属的正部级事业单位，而中科大则是中科院直属的副部级高校；主要方向不同：中科大是一所以前沿科学和高新技术为主、兼有特色管理和人文学科的综合性全国重点大学，中科院负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询。
1、中国科学技术大学是国家“双一流”“211工程”“985工程”重点建设院校，主要院系有：少年班学院、数学科学学院、物理学院、化学与材料科学学院、生命科学学院、工程科学学院、信息科学技术学院、计算机科学与技术学院。
2、中国科学技术大学开设的专业有：信息安全，电子信息工程，计算机科学与技术，机械设计制造及其自动化 ，能源与动力工程 ，环境科学 ，理论与应用力学 ，核工程与核技术 ，材料化学 ，安全工程 ，通信工程 ，数据科学与大数据技术等。
3、中科院的职责：主要从事基础研究、战略高技术研究和经济社会可持续发展相关研究，重点解决我国现代化建设中的基础性、战略性、前瞻性重大科技问题；坚持以科研为中心，科研与教育并举，出成果与出人才并重，紧密结合科研工作，培养高级科技创新创业人才。
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